2000-2003 წლებში საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიაში შემუშავდა რეფორმის პროექტი, რომელიც ითვალისწინებდა სახელმწიფო ატესტაციის მექანიზმის გამოყენებით სამეცნიერო-კვლევით დაწესებულებათა ოპტიმიზაციას და მეცნიერთა სამუშაო პირობების ეტაპობრივ გაუმჯობესებას. დაგეგმილი იყო აგრეთვე აკადემიის მმართველი რგოლის გარდაქმნა სამეცნიერო დაწესებულებების სისტემათა მართვის ევროპული მოდელების გათვალისწინებით. 
  ამ პროექტის სარეალიზაციოდ პირველი სერიოზული ნაბიჯი 2003 წლის ივლისში გადაიდგა. კერძოდ, საქართველოს მაშინდელი პრეზიდენტის ბრძანებულებით დამტკიცდა "სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტების სანიმუშო წესდება" და "სახელმწიფო სამეცნიერო-კვლევით დაწესებულებათა ატესტაციის დებულება", ხოლო პარლამენტმა გამოსცა კანონი "მეცნიერთა სოციალური უზრუნველყოფის გარანტიების შესახებ". ამ კანონს აქტიურად დაუჭირეს მხარი როგორც "ბურჯანაძე-დემოკრატებმა", ისე "ნაციონალურმა მოძრაობამ" და აქტიურად გამოიყენეს კიდეც პიარისათვის წინასაარჩევნო კამპანიის დროს. უფრო მეტიც, უკვე ე. წ. "ვარდების რევოლუციის" შემდეგ, 2004 წლის იანვარში, მთავრობის მაშინდელმა მეთაურმა პარლამენტის სხდომაზე განაცხადა: "ჩვენი სამეცნიერო პროგრამა იქნება აკადემიაში შემუშავებული ის უაღრესად დახვეწილი პროექტი, რომელიც წინასაარჩევნო კამპანიის დროს გადმოგვცესო".
  2004 წლის გაზაფხულზევე გაირკვა, რომ ხელისუფლებაში მოსული "ვარდოსნები" მეცნიერების მხარდამჭერ სიტყვებს მხოლოდ საზოგადოების თვალის ასახვევად იყენებდნენ, სინამდვილეში კი შეპყრობილები იყვნენ ქართული კულტურისა ზოგადად და, კერძოდ, ქართული მეცნიერების ამოძირკვის მანიაკალური იდეით.
  ლომაია-ბენდუქიძე-ნოღაიდელის მიერ შემუშავებული კანონპროექტი "მეცნიერების, ტექნოლოგიებისა და მათი განვითარების შესახებ საქართველოს კანონში ცვლილებებისა და დამატებების შეტანის თაობაზე", რომელიც საქართველოს მთავრობამ პარლამენტში 2005 წლის ოქტომბრის ბოლოს შეიტანა, ითვალისწინებდა სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტებიდან 65 წელს გადაცილებული უკლებლივ ყველა მეცნიერის გაძევებას და ინსტიტუტებისათვის საბაზო დაფინანსების შეწყვეტას, ანუ მათ ფაქტობრივ ლიკვიდაციას. მაშინდელმა საპარლამენტო ოპოზიციამ (ძირითადად, "ახალმა მემარჯვენეებმა") მიაღწია კანონიდან ამ ორი დამანგრეველი მუხლის ამოღებას, მაგრამ ამ შესწორებით კანონის ძირითადი არსი მაინც არ შეიცვალა. საქართველოს პარლამენტმა, ფაქტობრივად, უარყო რა მეცნიერების განვითარების ევროპული მოდელი, უარი თქვა მეცნიერების სფეროში უკვე დაწყებულ რეფორმაზე და დააკანონა საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის, როგორც კვლევით დაწესებულებათა ერთიანი სისტემის, დაშლა. 
  ეს დაშლა-განადგურება საბოლოოდ იურიდიულად გაფორმდა საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 16 მარტის დადგენილებით, რომლის შემუშავებაშიც, სამწუხაროდ, რამდენიმე უღირსმა მეცნიერმაც მიიღო მონაწილეობა. უკლებლივ ყველა სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტი გამოიყვანეს აკადემიის სისტემიდან და ხელახლა დააფუძნეს საჯარო სამართლის იურიდიულ პირებად, თანაც მათ არ დაუკანონეს უძრავი ქონება, რაც, ხაზგასმით უნდა ითქვას, "საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ" კანონის უხეში დარღვევაა. რეალურად ინსტიტუტები დაუქვემდებარეს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს, რომელსაც მეცნიერებაზე ზრუნვის არც უნარი აქვს და არც სურვილი, მეცნიერების ჯალათის როლს კი ყოველთვის დიდი ენთუზიაზმით ასრულებს.
  მთელი ამ დროის განმავლობაში სამინისტრო აბსოლუტურად უყურადღებოდ ტოვებდა და ტოვებს ინსტიტუტების თხოვნას სახელფასო ფონდის გაზრდის შესახებ, თუმცა კარგად მოეხსენება, რომ მეცნიერთა თანამდებობრივი სარგოები რეალურ საარსებო მინიმუმზე გაცილებით დაბალია. სამინისტროს არც ის ადარდებს, რომ სამეცნიერო და სამეცნიერო-სასწავლო დაწესებულებები ვერ ახერხებენ უცხოური სამეცნიერო ლიტერატურის გამოწერასა და ქვეყანა არსებითად მეცნიერული იფორმაციის ვაკუუმშია მოქცეული. სამაგიეროდ, ლომაიას მმართველობის პერიოდიდან დაწყებული, სამინისტრო, რომლის ფუნქცია და პირდაპირი მოვალეობა განათლებასა და მეცნიერებაზე ზრუნვაა, "წარმატებით" ითავსებს პოლიციურ ფუნქციებს - გამუდმებით ემუქრება მეცნიერებს ერთ დროს მათი ინსტიტუტებისათვის აგებული შენობებიდან გამოყრით და "რეზერვაციებში" გადასახლებით (ამ მხრივ, მინისტრის ახლანდელი მოადგილე ნ. სურგულაძე ლომაიას "ღირსეული" მემკვიდრეა).
  არც სამინისტრო და არც საქართველოს პრეზიდენტთან არსებული "სამეცნიერო კვლევებისა და განვითარების საბჭო" (თანათავმჯომარეები: ფ. თოდუა და ნ. სურგულაძე) არასდროს დაინტერესებულა სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტების სამეცნიერო საქმიანობით და საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიიდან ერთხელაც არ გამოუთხოვია მასალები ამ საქმიანობის შეფასების შესახებ. შეფასება და ანალიზი მათ არც არაფრად სჭირდებოდათ, რადგან ინსტიტუტებს უყურებდნენ, როგორც შენობებს და არა - როგორც სამეცნიერო დაწესებულებებს, სადაც ქართველი ერისათვის სასიცოცხლო მნიშვნელობის ინტელექტუალური ფასეულობები იქმნებოდა. უფრო ზუსტად, სწორედ ეს უკანასკნელი ფაქტი აღიზიანებდათ და ეძებდნენ შესაფერის მომენტს მეცნიერებაზე გამანადგურებელი დარტყმის მისაყენებლად. ეს მომენტიც დადგა ? 2010 წლის 9 ივლისს საქართველოს მთავრობამ გამოსცა ნ. სურგულაძის, გ. თევზაძისა და გ. ხუბუას აქტიური მონაწილეობით შემუშავებული დადგენილება 15 სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტის უნივერსიტეტების სტრუქტურულ ერთეულებად რეორგანიზაციის შესახებ, რასაც უახლოეს მომავალში უთუოდ მოყვება დაკნინებული და უფლებააყრილი ინსტიტუტების გაუქმება და მათ მიერ დაკავებული შენობების დატაცება-გასხვისება. ხომ კარგადაა ცნობილი, რომ ბატონმა გ. ხუბუამ 2006 წელს ერთი მოკლე ბრძანებით გააუქმა ივ. ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის სამეცნიერო სექტორი და 1500-მდე მეცნიერი ქუჩაში გაყარა (ეს ხალხი სამართალს დღემდე ეძებს).
  ზემოხსენებული დადგენილება უხეშად არღვევს საქართველოს კანონმდებლობას. საკმარისია, აღვნიშნოთ, რომ გამოყენებითი კვლევების სფეროში საქართველოში (და არა მარტო საქართველოში) ერთ-ერთ საუკეთესო დაწესებულებას, რ. აგლაძის არაორგანული ქიმიისა და ელექტროქიმიის ინსტიტუტს, არ მიეცა საშუალება, გამოეყენებინა კანონით გათვალისწინებული თვითგამორკვევის უფლება.
  რიგში დგას 41 სამეცნიერო-კვლევითი დაწესებულება - საჯარო სამართლის იურიდიული პირი. ასე რომ, ათეული წლების განმავლობაში ჩამოყალიბებული სამეცნიერო კერებისა და სკოლების გასანადგურებლად "გასაკეთებელი ჯერ კიდევ ბევრია". მით უმეტეს, მთელი სიმძლავრითაა ამუშავებული ნაციონალების მიერ ჩვენს თვალწინ შექმნილი სიცრუის, ცინიზმის, ფარისევლობისა და თაღლითობის მანქანა.
  გვინდა, კიდევ ერთხელ შევახსენოთ ჩვენს საზოგადოებას, რომ სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტების განადგურებით ჩვენ ახალგაზრდობას საბოლოოდ დაეხშობა მეცნიერებაში შესასვლელი კარები. მეცნიერების სიკვდილი კი გამოიწვევს საშუალო და უმაღლესი სკოლების სიკვდილს და, შესაბამისად, ქვეყნის შეუქცევად და გამოუსწორებელ დეგრადაციას.
  ამ სამი წლის წინ ერთმა ჩვენმა გამოჩენილმა მეცნიერმა ბრძანა: "თუ მთავრობის ამნაირი პოლიტიკა კვლავაც გაგრძელდა, ჩვენ მალე ისტორიულის ნაცვლად ზოოლოგიურ სინამდვილეში ამოვყოფთ თავსო". ჩვენმა საზოგადოებამ, თუკი იგი შეგნებულად არ დგას გადაგვარების გზაზე, ყურად უნდა იღოს ეს შეგონება. ჩვენი კულტურის, მეცნიერებისა და განათლების გადასარჩენად ხმა უნდა ამოიღოს ყველამ - ჩინიანმა თუ უჩინომ, მეცნიერმა თუ ხელოვანმა, ხელისუფლების მოწინააღმდეგემ თუ მხარდამჭერმა, ახალგაზრდობამ, იმ კვლევითი ინსტუტუტების თანამშრომლებმა, რომლებიც ხელისუფლების საამებლად დიდი ენთუზიაზმით აცხადებენ თვითლიკვიდაციას, საქართველოს უკლებლივ ყველა მოქალაქემ. კარგა ხანია, დადგა დრო, თავისი პოზიცია საჯაროდ გამოთქვას საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნულმა აკადემიამ, რომელსაც ზნეობრივადაც, პროფესიულადაც და იურიდიულადაც ევალება ქართული მეცნიერების მესვეურობა.
  "ქართული აკადემია"